Здравствуйте!
Без личного присутствия отца и Вашего совместного заявления его не впишут отцом ребенка в свидетельство о рождении. Согласно п. 3 ст. 51 Семейного кодекса РФ, В случае рождения ребенка у матери, не состоящей в браке, при отсутствии совместного заявления родителей или при отсутствии решения суда об установлении отцовства фамилия отца ребенка в книге записей рождений записывается по фамилии матери, имя и отчество отца ребенка - по ее указанию.
Из сизо установить отцовство практически невозможно. Ни кто же ему не позволит съездить в органы ЗАГСа для подачи требуемого заявления. Вариант - ждать, когда его освободят из под стражи и подавать совместное заявление об установлении отцовства.